Emer Islamic Boarding School (EIBOS) menggunakan kurikulum nasional (Kurikulum Merdeka) yang dirancang oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (Kemendikbud), dipadukan dengan pengayaan dari sumber Cambridge International Curriculum untuk mata pelajaran Bahasa Inggris dan Sains, serta pengayaan ekstrakulikuler dan muatan lokal khususnya Pendidikan Agama Islam yakni Akidah Akhlak, Fikih, Sirah Nabawi, Tahsin, Tahfidz, dan Bahasa Arab.